世上没有白走的路，每一步都算数

经验这种东西，不像武侠小说里的内力那样，随随便便就能获取别人几十年的修为， 往往是你过了多年以后才会顿悟，原来这个道理那么重要，我当时怎么没有想到呢。
避免这种尴尬的方法就是用你的逻辑去判断，然后践行那些你推理之后正确的经验。

直到现在，我才读懂了下面这段话。

Package, dependency and environment management for any language: Python, R, Scala, Java, Javascript, C/ C++, FORTRAN
Package, dependency and environment management for any language: Python, R, Scala, Java, Javascript, C/ C++, FORTRAN
Package, dependency and environment management for any language: Python, R, Scala, Java, Javascript, C/ C++, FORTRAN

更加不可思议的是，这句话其实在(conda)[https://conda.io/docs/] 首页的第一句，可见有些东西，你是“看不见的“。

日常工作的窘境

我们研究所里有一台服务器，很久之前在Linux基础不太好的时候，我想安装软件时候因为缺少依赖而无法编译，甚至有时候是g++编译器的版本不够。如果你的技术足够好，你可以用旧的编译器编译新的版本，然后安装好其他以来环境，但对于大部人而已，这件事情是可以交给管理员做的。但是，问题在于我们的服务器的管理员已经离职，目前的管理者就是给你加加存储空间而已。

初见conda

我是在anaconda的介绍下认识conda的。当时为了学习Python爬虫，课程老师建议Windows平台安装anaconda，保证环境一致，省去许多软件的安全感。后来接触到虚拟工作环境，发现conda还能创建许多独立的Python环境。那时年少，就只会用conda install装装软件而已。

又见conda

后来学习生物信息学，也就是去年的事情，在安装生信软件折腾中被bioconda解救。当时发现，只要在conda中添加如下channel，就能非常便捷的安装生物信息软件了。之前还专门写了一篇文章介绍：

生信软件的好帮手-bioconda

(conda config --add channels r)
conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda

缺陷就在于Windows的conda即便添加了这些channel也是无法安装软件的。不过好在我的目的是服务器，所以无关紧要。
不过bioncda的镜像在国外，速度太慢了，也是我当初认为的“缺陷”。

如何正确的使用bioconda

今天，我用服务器编译一个软件的时候，发现./configure出现gcc版本过低不能通过，本来想着要自己去编译一个gcc，但是又想到，似乎我用bioconda安装软件的时候，它会自动安装java， c++等依赖环境，进一步的想到，我能不能用conda环境的gcc进行编译呢？结果验证了我的想法，真的可行！

于是乎，我想到了Linux的本质就是Linus写的一个内核，然后gnu团队为了提供了无数开源软件。后来为了方便软件安装，处理错综复杂的依赖关系，就有了RPM和DPKG两大主流的软件管理器，对应yum和apt。

conda本质上也是一种软件管理器，所以分为依赖环境和在此之上运行的软件。想通这一点，就知道如何加速bioconda的下载速度了。生信软件本身不大，但是依赖的软件包倒是挺多的，只要保证依赖的软件包的下载速度够快，那么总体速度就上去了，而这些在清华源已经有了。

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/

因此，上帝的归上帝，凯撒的归凯撒。

多么感人的速度呀，为什么之前没有明白这个简单的道理呢？再也不需要去考虑Linuxbrew了

但是要明白这个简单的道理，却至少得了解什么是Linux，知道什么叫做软件管理器，还得折腾过conda。可见世上没有白走的路，每一步都算数。