单细胞测序数据分析：软件安装篇

这个年头必须要有多线程学习的能力，于是我打算在开了“用Python学爬虫”的同时再开一个巨坑，单细胞数据分析.

目前，根据http://hemberg-lab.github.io/scRNA.seq.course/index.html 的课程，慢慢学习单细胞测序中，会一边学习一遍更新笔记。迫不及待的同学可以自己看英文学习，有耐心的同学可以等我的文章更新。

首先安装课程需要的R包，当然你可以选择现在安装，也可以选择用到的时候再安装。
这些R包基本上覆盖了单细胞测序流程的方方面面了。

通用模块

install.packages("devtools")
source('https://bioconductor.org/biocLite.R')

专门的函数

library(devtools)
install_github("hemberg-lab/scRNA.seq.funcs")

绘图函数

install.packages("pheatmap")
biocLite("limma")

QC和标准化

scater

biocLite("scater")

mvoutlier: scater用于自动化异常值检测

install.packages("mvoutlier")

statmod: mvoutlier的依赖包

install.packages("statmod")

RUVSeq

## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("RUVSeq")

聚类

pcaReduce

devtools::install_github("JustinaZ/pcaReduce")

pcaMethods ： pcaReduce的依赖包，

## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("pcaMethods")

SC3

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("SC3")

SEURAT

devtools::install_github('satijalab/seurat')

异常值处理

M3Drop

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("M3Drop")

时序建模

TSCAN

## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("TSCAN")

monocle

## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("monocle")

destiny

## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("destiny")

SLICER

devtools::install_github('jw156605/SLICER')

差异表达分析

ROCR

install.packages("ROCR")

edgeR

## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("edgeR")

DESeq2

## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("DESeq2")

MAST

## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("MAST")

scde (可选)

devtools::install_github("hms-dbmi/scde", build_vignettes = FALSE)

额外工具

MultiAssayExperiment 处理conquer数据集

## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("MultiAssayExperiment")

SummarizedExperiment :

## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("SummarizedExperiment")

软件包都安装好了么？如果好了，就当我下一篇文章的更新吧。