汗， 完字上下都有```的

缩进四个空格即可。

果然如此，困扰半天，谢谢谢大！

搞定。用fig.showtext=TRUE选项即可。例：

---
title: "test"
author: "yufree"
output:
  html_document: default
  pdf_document:
    keep_tex: yes
    latex_engine: xelatex
  word_document: default
---

中英文混合

This is an R Markdown document. 

```{r fig.showtext=TRUE}
plot(cars,main='中文issue',family = 'wqy')
plot(cars,main='中文issue2',family='wqy')
```

完

赞，完美解决！另附正文中中文的显示方法：

修改 "R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1/rmarkdown/rmd/latex" 下 default.tex 文档，在 \begin{document} 之前加入

\usepackage{xeCJK}  
\setCJKmainfont{文泉驿微米黑}  % 字体可以更换

即可在rmd文档转换pdf的正文中显示中文(虽然不是knitr包的问题，但放到这里方便别人解决问题)

谢谢，不过不需要这样黑模板，你可以把这段代码放在header.tex中，然后用includes字段把它插入模板中，例如

---
output:
  pdf_document:
    includes:
      in_header: header.tex
---

我的系统下字体名字要用WenQuanYi Micro Hei才行。

Just updated a blog post briefly describing how to use showtext in knitr. If needed, this file can be used as an example in knitr-examples.
Thanks for the nice work!

大赞！没意识到yaml这个功能，这样岂不是可以在rmd里随意调用latex的包了，直接header.tex里加入宏包，然后正文里可以写tex代码了，尝试了下tikz可行，rmd一统江湖，写论文应该用不到rnw了，现在感觉就差文献管理软件整合了。

同时感谢@yixuan的介绍，作为knitr与showtext重度用户十分感谢二位的工作！

是啊，Pandoc的设计有超级牛力的。文献方面不知道你看过这个没有：http://rmarkdown.rstudio.com/authoring_bibliographies_and_citations.html 基本上你要是用过BibTeX的话就没什么障碍了。

还真没看过但BibTex折腾过，这功能太实用了，强赞！

我是个latex新手，win7系统，xelatex和字库始终没弄协调，fc中有的字体也编译不出来。
我想用ctex包来处理正文中的中文字符，创建了一个header.tex文件，只包含一句
\usepackage{ctex}
并将其与需编译的rmd文件放到了同一个文件夹

output:
pdf_document:
latex_engine: pdflatex
keep_tex: true
includes:
in_header: header.tex

但是从生成的tex文件里发现并没有加上header.tex的内容
自然中文字符显示都是乱码，到底是哪里出问题了，麻烦解答一下。谢谢！

yaml语法是要求有缩进的 参照谢大上面的代码即可 另外文档编码一定用UTF-8 不然容易烫着

我前一段时间受一个老美推荐研究一下fandol字体，发现它可能会是一个通用的解决方案。因为它是一个免费的包，所以我们不必再藏头缩尾去用那些商业Adobe中文字体了。我在Linux/Mac底下都测试了，只要字体安装上了，ctex里面用nofonts选项就会自动寻找fandol字体。注意字体是安装到系统中，而不是作为一个LaTeX包安装上。不知道Yu老大是否有空研究一下，然后我们可以给rticles提交一个PR（写一个rticles::pdf_ctex()函数）：rstudio/rticles#1

我也尝试了下，安装fandol字体后确实用nofonts选项就可以调用了，不过要是xetex编译，换成pdflatex还是中止。之后我查了下ctex的文档，里面大概的意思如下：

• ctex默认选项为winfonts 默认调用windows下的四种随系统安装字体；
• 使用macfonts选项则会调用mac系统下华文那几种字体，也是随系统安装的，svn版ctex包新特性；
• adobefonts 是为其他系统服务的，但只支持xetex编译，这几个字体是商用的
• nofonts 就需要自己设定字体了，因为本质上用了xecjk包，所以设定命令与该包一致
• linux系统下字体名比较混乱，所以要手动设置，这解释了我电脑上文泉驿的名字与谢大的不一样的问题，详见这里
• 上面这些选项只对xetex编译有效，pdflatex虽然老外用的多，但真不符合国情

但我看了下ctex的源码，在fontset选项里莫名其妙多出一个fandol选项，所以我猜测在使用nofonts选项时实际调用的是fandol选项，这大概解释了自动寻找字体的问题，但官方文档中没有提及这个配置，所以存在ctex包升级后这个选项失效的风险。

关于fandol字体，据说源自某破产字体厂商，后来被挖出来开源了，不过似乎没有完全支持所有汉字的编码，这倒没关系，有比没有好太多。这个项目还有个只有12刀的基金会，那个作者应该是知乎上的李阿玲，latex专家，不知道用了什么法子让ctex包里多出个fandol的选项，但基于此写文档倒是规避了字体设置的问题了。

眼下我也没有windows系统，不过写死了必须用utf-8跟xetex编译，应该没有问题。riticles我也特别想写模版，因为投稿要用一个化学类期刊的latex包achemso，结果它只提供了文档类调用，这样就需要pandoc转化时加参数，然后我就直接lyx写了。如果用PR的话，应该是将其作为一个preamble来调用吧，那这个函数rticles::pdf_ctex()的作用应该是在文档转换前加入一句类似\documentclass[UTF8,nofonts]{ctexart}来指定文档类别或者直接把\usepackage[UTF8,nofonts]{ctex}写到导言区里吧？具体怎么实现我还没概念，希望谢大指导！

ps: 我水平很菜，最多就是读懂代码，但写的话就渣了，谢大不要Yu老大，我跟您差了十万八千里，都是读您的文章入门的。

中文字体就是这点麻烦，太多，所以很少有免费又合法的……

@yixuan 是啊，好不容易出来一个免费字体，看起来还比较美观，但我也一直没找到它的来源，从上面 @yufree 的八卦才了解到一点，感觉fandol的作者好像不太靠谱的样子（虽然很用功），从马路边捡了个字体就拿来GPL了，完全是黑户啊。

@yufree 谢谢深挖，信息很全面 👍

忽略下面的回复，我觉得好像走歪了，需要再想想。

关于pdf_ctex()我的想法如下：

• 它的latex_engine参数（参见rmarkdown::pdf_document）默认取值在Windows下用pdflatex，Mac/Linux下用xelatex，即latex_engine = if (.Platform$OS.type == 'windows') 'pdflatex' else 'xelatex'，参数都是可以在YAML元数据里面修改的，所以这样默认设置应该是合理，而且用户方便修改的
• 通过pandoc_args参数传递合理的默认classoption和documentclass变量数据：https://github.com/rstudio/rmarkdown/blob/master/inst/rmd/latex/default.tex

pdf_ctex = function() {
  ...
}

---
output:
  rticles::pdf_ctex
    ctex:
      classoption: nofonts
      documentclass: ctexart
---

看到今天加入了plos one的期刊模版，我打算把化学类的期刊（美国化学会旗下）参照着加一下，凭空写不行，但照虎画猫大概还行，如有错误还望楼上几位多加指点。

我今天试图创建acs模版，基本完成，但有几个问题

• email 的链接无法生成
• 作者列表总是无法循环得到，我怀疑与achemso包的一些设定有关
• achemso包中定义了一些环境，markdown好像无法实现，只好在模版里写plain tex了

希望大家有空指点下，谢谢！
rstudio/rticles#15

照虎画猫也是本事。你表太谦虚。世上哪有那么多纯创新的东西，0.1%创新加99.9%没技术含量的苦力活就足够了，有多少苦力活是没人愿意干的啊，大家都盯着创新，仿佛创新能拯救世界，其实不然。

R Markdown中文PDF支持完毕：rstudio/rticles#16 敬请测试：

devtools::install_github('rstudio/rticles')

header.tex文件在哪里找到

@yangbenfa 自己新建一个header.tex文档放在需要编译的rmd文档目录下，里面加入需要的tex代码即可在文档编译时调用，不过眼下用rticles包的中文模版就可以了

@yufree 好的，谢谢！，因为使用rticles，只显示了图片中的中文，而正文中文没显示 ，故还是使用header.tex来尝试一下，

@yangbenfa 不太可能吧，rticles里的中文我都设置好了啊，是不是你没有安装文章中说的字体？https://github.com/rstudio/rticles/blob/master/inst/rmarkdown/templates/ctex/skeleton/skeleton.Rmd

@yihui 是的，安装了字体后，使用CTeX Documents模版，不显示中文，只有英文，于是，我就修改了其中一行，classoption: "hyperrefr if (.Platform$OS.type != 'windows') ',nofonts'"
改成了classoption: nofonts；结果连英文都不显示了，直接报错，信息如下：

output file: 转pdf，中文问题1.knit.md

! Undefined control sequence.
l.75 ...�题。当然这句话得站在巨人\href

pandoc: Error producing PDF from TeX source
错误: pandoc document conversion failed with error 43
停止执行

@yufree
最后的解决方案是，

修改 "R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1/rmarkdown/rmd/latex" 下 default.tex 文档，在 \begin{document} 之前加入字体，搞定，测试结果如下：
－－－
title: "test"
author: "test"
date: "2015年7月1日"
output:
pdf_document:
latex_engine: xelatex
－－－

你好,测试一下

｀｀｀{r, echo=FALSE,fig.showtext=TRUE}
plot(cars,main="你好")
｀｀｀

由于没有调用模版，故排版很差，于是想借助模版来优化一下排版，就调用CTeX Documents模版信息，增加一行 template: !expr rticles::ctex_template()，结果又报错了，为什么，不使用模版，一切正常，使用了模版，就错误，如下：
! Undefined control sequence.
l.75 ...�题。当然这句话得站在巨人\href

pandoc: Error producing PDF from TeX source
错误: pandoc document conversion failed with error 43
停止执行

 弱弱的问一句，其实只要中文显示好了，一旦生成pdf文件，不管对方是windows，还是Linux，都可以打开，并正常显示吧，
所以，我觉得“装鸵鸟，把头埋沙子里，自己默念一百遍“别人都不用Windows，我只管我的系统上的字体能用就好了”；”这句话似乎不成立

经过一番尝试，终于解决，原来问题出在这里classoption: "hyperrefr if (.Platform$OS.type != 'windows') ',macfonts'"，使用模版也可以了

@yangbenfa 看你用macfonts这个选项了，说明ctex已更新。我查了下 https://github.com/CTeX-org/ctex-kit 确实对mac系统支持了macfonts选项，那么rticles里可能要做点更新，感谢提醒！
@yihui 是不是classoption可以写成下面这样？

classoption: "hyperref`r if (Sys.info()["sysname"]== 'Linux') ',nofonts' else if (.Platform$OS.type == 'Darwin') ',macfonts' `"

我更新到最新版了，可以重复出问题了，看起来ctex 2.x的更新比较大，上面那个代码不行，估计得更新下skeleton了

额，又看了下，其实现在可以不管哪个字体设置了，ctex 2.x可以自动适配系统，这样可以直接在rmd文档中指定文档类型就可以显示中文了，不过默认pandoc的tex模版里有些语句需要删掉，否则编译还是通不过，我几乎删光了才编译成功，目测是超链接的问题。

@yufree 好，那确实需要更新文档了。我最近有点忙，你要是找出来毛病在哪儿欢迎提交PR。谢谢！

@yihui 额，我先给一个比较脏的skeleton修改yaml临时方案吧：

classoption: "hyperref`r ','`"

目前ctex也不建议自己调字体，那就直接忽略算了，过会我PR过去，不过模版里的文本估计要重新组织，我暂时会在模版里加一个说明，因为估计多数没意识到latex的包也会出现大更新。

文本已经大致重新组织了一下。至于Pandoc模板是啥问题，就留给你慢慢研究了。

@yihui 谢大辛苦 pandoc模版似乎没问题 是我当时没理解hyperref这个选项跟您做的修改 重新尝试已经没问题了
ps: 在yaml里写r代码这个黑魔法很赞

@yangbenfa 我 include header.tex 后生成的tex文件中文也是乱码，请问这个问题你解决了吗？

@yihui

---
title: "这是一个标题"
output:
  pdf_document:
    includes:
      in_header: header.tex
    keep_tex: yes   
    latex_engine: xelatex
  word_document: default
  html_document: default
---

 中文 

header.tex 文件
\usepackage{ctex} 

pdf可以显示中文，但是生成的tex文件中文都是乱码，并没有把中文包包含近来，怎么修改呢？

请问header.tex这个文件需不需要加上\begin{document}之类的code？还是只需要\usepackages{...}就可以了？

不需要。后来者请不要再在这个帖子底下回复，中文Markdown转CTeX/LaTeX/PDF的问题早已经在rticles包中解决了：https://github.com/rstudio/rticles