iPad 上有哪些实用得令人惊艳的 App？
##2018/8/8写在最前##
MarginNote 3更新了：MarginNote 3 by Sun Min
最近较忙，过段时间写个新回答来介绍这个大更新。
2018/11/16----新回答总算出炉了Einswell：在当下使用 iPad（2018 年），有哪些值得推荐的应用？拖到现在真的不容易- -！
~~~~~~~~~分割线~~~~~~~~~~
突然发现被开发者点赞了Σ(°Д°;
如果这个软件对大家有所帮助，就点个赞吧(*╹▽╹*)，让更多人知道这个优秀的软件。
回答不定时更新最新功能，分享使用心得，欢迎大家收藏答案。
更新放在后面了，方便大家阅读。
－－－－－一以下为原答案－－－－－
知乎首答。
推荐 MarginNote （以下简称MN）
iPhone、iPad、Mac版本都有。个人觉得在iPad Pro 12.9+ Apple Pencil使用效果最好。
首先给出主要界面：
从左到右依次是：mindmap部分，pdf部分，notes部分。当然这是马力（界面）全开的情况。如果你的iPad屏幕较小，或者并不需要显示全部部分，你可以选择隐藏notes部分或mindmap部分，也可以只显示mindmap。
看到这样的App界面大家可能会很惊讶。这东西是用来干啥的？实际上，
MN是一个全方位的学习App：看PDF/ePub＋做笔记＋建思维导图+知识点复习
下面我来逐一介绍这款软件的4的运作部分：pdf阅读＋pdf批注＋mindmap制作+cards复习，以及它们是如何很好的整合在一起的。
——————————功能介绍——————————
一、pdf阅读：
这一部分并不是重点，因为和众多的pdf阅读app差不多。不过阅读体验是非常好的。功能很齐全。
如浏览模式(水平翻页/滚动浏览）和主题颜色（5种）随意切换，只需点击右上角的TT。夜间主题很适合晚上寝室熄灯了继续学习（好像暴露了年龄。。）
二、pdf批注：
有三种批注（notes）可以做：划线，方框，涂鸦。
（1）划线：即选中pdf中的文本做上标记，效果如图：（有三种划线形式，颜色可选）
（2）方框：即在pdf的任何位置做上方框型标注，效果如图：（同样有三种标注形式，颜色可选）
（3）涂鸦：即在pdf的任何位置涂鸦，效果如图：（钢笔，记号笔，颜色可选）
个人认为在批注操作上，MN是在众多的pdf阅读批注app中用起来体验最好的（批注效率最高）。但MN的最大的与众不同之处在于：它将批注整合入了mindmap！
三、Mindmap部分：
这个部分有两种显示方法：outline与mindmap，可以单独显示一种，也可以都显示，如图
关键是，mindmap是如何和pdf批注联系起来的呢？
答案是：每一个批注都会自动在mindmap里产生一个card
如果你做划线标注，它会自动读取你标注的文本，并在mindmap里生成一个card
如果你做方框标注，它会自动截取你框住的图片，并在mindmap里生成一个card
如果你做涂鸦标注，它会自动截图你涂鸦的地方，并在mindmap里生成一个card
何为card？就是mindmap里的一个单元（节点）。你在手动安你的需求整理这些cards将其变为mindmap就可以了。
所有的笔记（批注）都会对应一个card，所有的cards都能够参与mindmap的制作。但每个card又如何运作呢？这自然来到了第四个部分。
四、cards部分
card可以称作学习卡片。它相当于知识点。别小瞧每个card，你可以点开card再编辑，加入任意你想加入的东西，然后这些东西会变成这个card的辅助信息，称其为内容框好啦，如
这是一个由方框标注生成card，我另外给这个card加入了4个内容框，分别是：涂鸦，文本，其他card的超链接，其他card的超链接。
当然能加入的不止这几种，还有音频，图片，标签......
加入了自己的理解后，卡片还能够有什么用呢？对，用来复习。
MN除了学习界面，还有一个卡片界面（入口页面有一个Notes&Tags的选项），如下
这里会显示出你的所有的笔记。可以按各种方式排序与检索：笔记内容、标签、颜色、时间，来选择性的显示你的笔记。然后你可以进入复习界面对这些笔记进行回顾。你也可以将笔记加入repetition queue，MN会帮你自动周期性地组织复习内容，十分方便。
所以，整个app的运作方式就是： （1）阅读pdf （2）在pdf上做批注 （3）整理card形成mindmap （4）在card里加入自己的思考理解 （5）用cards进行复习
—————————扯点别的—————————
1.关于云端存储与同步：
应用中的书会存到iCloud Drive中的。而笔记本则可以会通过iCloud同步。
2.Import与Export
Import：你可以从各种地方导入你想学习的材料：其他app，Dropbox，iCloud，iTunes，甚至是一般的网页中。实际上，你可以在Safari里打开一个网页然后分享到MarginNote里，这时MarginNote会根据网页内容生成一个ePub文件，供你线下学习，十分方便。
Export：有很多种导出方式：Anki，OmniOutliner， iThoughts，Evernote等等，也可以将带批注的pdf作为整体导出。
有人可能会问第一个Export选项的Anki是什么，其实它是一个辅助复习记忆软件，大概就是能够将你在MarginNote中生成的cards导入到Anki这个软件中，然后可以进行周期性的复习。不过我觉Anki得这个软件受众估计不多，所以就不在此多介绍了，大家可以自行百度。
这里我就提一下Export到iThoughts里的感受吧。效果是非常好，信息一点都没丢失，包括card里面的批注，card之间的超链接都在iThoughts里用连接线表现了出来！甚至你能够点击iThoughts里对应的card跳转回MarginNote应用中。
3.关于开发者
（1）开发者会十分用心地听取用户的建议（app中有内置feedback forum，邮件会耐心回复）。
（2）这个app的开发者是中国人。据说此软件在国外受到了广泛好评，甚至别人主动帮忙做app的翻译。
（3）更新勤快，往往更新都有新功能，不单单是bug fix。
———————————————若干使用心得—————————————————
（硬件：iPad Pro 12.9 + Apple Pencil）
1、学习时，一般横屏，界面常用mindmap＋pdf。
2、右手在pdf上做标记，左手随手整理card形成mindmap的。原因：一口气做太多标记后再回去看mindmap时，cards已经堆成堆，这时候再想将cards整理成mindmap就会比较困难了。
3、做笔记时，常用划线和方框标记。原因：用涂鸦标记会让pdf显得凌乱，失去笔记的美感。确实需要用到涂鸦标注的时候，涂鸦笔记可以写在方框标记内。这样的涂鸦笔记整合到了方框笔记内，不会再导图中产生冗余的card。另外也可以借助card里面的内容框添加涂鸦，那样效果会好很多。
4、做笔记的三种highlight styles可以用来表现标记内容的重要程度。（不过为了笔记效率我不怎么常换highlight styles）
5、笔记的颜色可以用来表现内容的种类。比如对我学数学来说，我一般会用黄色表示定义或注释（Definition/Remark），蓝色表示性质（Property），绿色表示具体例子（Example），红色表示重要的定理（Theorem）。建议常用的颜色不要超过4种，因为笔记工具栏恰有4种颜色快捷按钮。且颜色多了增加了选择复杂性，没必要。
6、当同时有好几个标记表现同一个内容，而又不想有那么多的cards时，灵活运用merge这个功能。这样可以让mindmap更佳清晰。（两种merge方法：1. 点击mindmap里父节点上会弹出merge按钮。2. 在mindmap同时选中多个节点后出现merge选项。）
7、关联卡片：打开某个card之后，点击card界面右下角的三个点图标，可以复制card的超链接。可以粘贴到其他的card中，让两个card关联起来。（现在点击mindmap的节点弹出的工具栏有关联按钮更加方便了，见Ver2.4更新）
8、有时候选中文本后（注意不是在文本上做标记），会出现As Title的选项，这个选项可以用来快速给cards加上标题
9、Note Always是一个打草稿的好app（有极佳的书写体验）。这两个app可以结合使用。（Note Always：所以我只用来打草稿-_-#）
MN目前的手写体验还是欠佳，所以用其他app来辅助。在Note Always中打完草稿可以将草稿导入MarginNote的card中作为内容框。（导入方法：更新到iOS 11后可以选中要分享的笔画Drag&Drop到MN的导图里）
当然，以上只是我个人的使用习惯。每个人有每个人的习惯。最终标准当然是自己怎么用着舒服就怎么用啦。
——————————————关于我对做笔记的看法——————————————
做笔记可能会有几个误区：一是太拘泥于笔记形式，将记笔记的过程变得过于繁琐，反而冲淡了做笔记对于学习知识的加深作用。二是什么都想涂涂画画，整段整段地用记号笔全部做上标记，结果回过头来看笔记的时候，发现全部都是重点，实际效果等于没重点。
其实做笔记，无非两种作用：1、建立笔记来加深首次学习的印象。2、查阅笔记来巩固以前学习的知识。
记住这两条笔记的核心用途，你便知道在看书时，该如何去做笔记，哪些需要做笔记。
——————————Version 2.3 更新——————————
作为重度用户第一时间来更新了。MarginNote 从Version 2.3 开始支持iCloud笔记同步了！！！终于不用每次翻墙用dropbox同步了。
另外，对于只想简简单单做highligt标记、不想在mindmap里生成多余繁杂的card的用户也有福了：现在支持在mindmap里隐藏只有highligt的notes.
————————Version 2.4&2.5 更新 ——————
这个版本又有好多新功能了！太多了以至于我说不过来。说主要的：
1. 支持在导图中关联笔记了：具体方法是在导图中点击这个链接 按钮，然后会出现一个气泡，将气泡拖动到想关联的另一个笔记上即可。关联的笔记会复制上彼此的超链接，同时在导图中与虚线显示出来，效果如图：
2.新增套索/多边形笔记工具
用此工具在PDF上点按或勾画形成一个闭路，可以实现各种形状的截图。本质上和拉方框相同，但弥补了图形上的单一缺陷。
3. 支持APP内照相和扫描。虽然扫描界面比较丑，但效果不错，功能齐全。
4. 支持模糊化笔记，方便复习回顾知识点。（不过作为一个学数学的不怎么用此功能）
PS：功能1和3都是答主向开发者反馈的意见，如今都实现了。可见开发者的用心！！（看到这样的开发者还不去支持支持！）
———————Version 2.6&2.7 更新 ——————
新增两个重量级功能：
1. 多PDF视图
可以同时打开至多3个PDF，独立滚动浏览。每个PDF可以相同可以不同，可以在每个PDF上分别做笔记。（下图为同时打开了3个PDF的效果）
2. 快速划出重点词（emphasis）
操作方法：首先你要highlight一段文字或图片，然后选中里面的文本，就会出现emphasis按钮了。
另外，现在双指双击可以快速进入／退出 PDF中的涂鸦模式或导图中的多项编辑模式
这个功能是答主向开发者建议的，开发者又很友好地采纳了(´▽｀)
—————————————写在最后—————————————
MN的功能之强大远不止这篇答案所述。不同的人有不同的需求会有不同的用法：制作记忆卡片（Anki）、阅读ePub电子书、做读书摘录、学法律、背医学……各种使用方式任你开发。总之，MarginNote绝对是个学习利器。
MarginNote iOS端有免费版，不过有笔记数量的限制。想体验软件功能的朋友可以先试用免费版。
附上Pro版传送门：
iOS版：MarginNote Pro - 一款会重塑学习方式的阅读笔记工具：在 App Store 上的内容
Mac版：MarginNote Pro - 一款会重塑学习方式的阅读笔记工具：在 Mac App Store 上的内容
最新使用经验在这里：Einswell：在当下使用 iPad（2018 年），有哪些值得推荐的应用？